Retorno à Portugal e Missões Diplomáticas

Com a vitória portuguesa, retorna à Lisboa, em 1641, com a missão de levar a Dom João IV, a adesão da colônia à Restauração. Conquista a admiração do rei, que o nomeia pregador da corte e o encarrega a importantes missões diplomáticas no exterior, mas provoca a ira do Santo Ofício ao recomendar a reabilitação dos cristãos-novos e por sua luta para que o comércio com as colonias fiquem fora dos confiscos inquisitoriais. Apos alguns fracassos diplomáticos, retorna ao Brasil para chefiar as missões jesuíticas, escapando dos inimigos da Inquisição.

Sucessos na Europa, Desilusão e Regresso ao Brasil

Parte para Roma, onde conquista grande sucesso como orador sacro quando então é convidado pela rainha Cristina, da Suécia, que abdicara ao seu trono e convertera-se ao catolicismo, para ser seu confessor e pregador. O Papa Clemente X livra-o da perseguição do Santo Oficio, mas não lhe dá apoio para a criação de sua tão desejada companhia ultramarina portuguesa. Em 1681, desiludido, resolve mudar-se definitivamente para o Brasil, e passa a viver em Salvador até sua morte, em 1697.